Geçtiğimiz sezonun sonunda yaşanan büyük patlamanın ardından yeni dünyasıyla kapılarını aralayacak Filinta 'Bin Yılın Şafağının yeni sezon ilk bölümünde olacaklar:Karakol patlamasında parmağı olan kişinin üsküp'lü (Alican Bayhan) olduğu ortaya çıkmıştır ve bu patlamada büyük kayıplar yaşanmıştır. Tüm bu olanlar can yaksa da, Osmanlı Devleti'nin güvenliği için çalışmak ve durmamak gerekmektedir. Kadı Gıyaseddin (Mehmet özgür), Filinta Mustafa (Onur Tuna), Bıçak Ali (Cem Uçan) ve Foto Abdullah (Kamil Güler) Padişah (Bülent Alkış) tarafından devletin Gizli Teşkilat birimine dahil olurlar. Bu birimin başında Osmanlı'nın önemli kilometre taşlarından biri Davut Paşa (Mustafa Avkıran) vardır. Artık birlikte yepyeni bir yola girerler ve külliyede çalışmaya başlarlar. Amaçları, yüzyıllardır Osmanlı Topraklarını ele geçirmeye çalışan Milletler üstü güce sahip Yüceler Meclisi ve Manastırdakileri bulmak. Bu zorlu ve güçlü süreç ekibimiz için artık mutlak başarıyla tamamlanması gereken tek hedef olacaktır.Diğer tarafta Manastır dünyasında acımasız, hırslı hedefleri olan zorlu savaşçılar vardır. Kusursuz öldürme yeteneği ile Farah (Berrak Tüzünataç) Manastırda kıyasıya mücadele ederken, bu zorlu yolda acıma duygusu sıfır, psikopat fakat müthiş bir zekaya sahip olan Celal de (Rıza Kocaoğlu) onu hayranlıkla izler.Boris Zaharyas'ın (Serhat Tutumluer) hayatında yeni bir perde başlayacaktır. Acımasızlığı ve hırslarıyla tanınan ve 'Benden habersiz İstanbul'da yaprak kımıldamaz.' diyen Boris için durum artık eskisinden daha da sürprizli bir hal alacaktır.