Teşkilat’ın yeni sezonunda Yüzbaşı Altay düşmana kök söktürmeye geliyor. Neslihan verdiği kayıplara rağmen görevinin başında dimdik duruyor ve vatanı için gözünü kırpmadan mücadele edi. Korkut ise eski hayatından tamamen kopup kendisini tehlikenin pençesinde bulur.
Büyük sınavlarla burun buruna gelen Neslihan ile Yüzbaşı Altay’ın yollarının kesişmesi Teşkilat’ta yeni bir dönemin başlangıcı olur.