Yüzyıllık Mühür Millel-i Selase (gayrimüslim) Kahramanlar; Osmanlı vatandaşı olan tüm etnik unsurların vatanseverliğini, vatan toprağına göz diken işgalci kuvvetlere ''gâvur'' diye saldıran gayrimüslim vatandaşlarımızın kahramanlığını gerçeğe müdahale etmeden, hak ettiği değerle anlatmaktadır. Hikayemiz, Ahval gazetesi muhabiri, David'in cephedeki gayrimüslim kahramanların hikayelerini peşine düşmesini konu alır. Her bölümde, karşılaştığı kahramanın hikayesini izleriz. Evlatlarını kaybetmiş yaşlı bir köylü kadını olan Eleni'nin Osmanlı ordusu için önemli bir bilgiyi evladı yerine koyduğu iki askerle canı pahasına bir yolculuğa çıkar. Bütün öğrencilerini askere yollamış olan yaşlı bir doktor olan Moris, oğlu gibi sevdiği öğrencisi Selim'in peşine cepheye gelir ve engin bilgisiyle cephe'de büyük katkılar sağlar. Vardvan ise terfi bekleyen bir yüzbaşıdır. Tek isteği cepheye gidip savaşmaktır fakat cepheye gitmesine izin verilmez. David ile ilk karşılaşmasında tatsız bir tartışmaya girişirler bu tartışma sonrasında istifa edip cepheye gitmeye karar verir. David'in cephede tanıştığı Artaki ise Mızıka-i Hümayun'de çalışan bir müzisyendir. Tüm arkadaşları cepheye gider. Yetimhanede beraber büyüdüğü arkadaşı Pogos'un hain planlarını öğrenir ve onun peşine düşer.
