Ailesinin ve sevdiklerinin ölü bildiği ömer'in tek amacı Zehra'yı bulmaktır. Bu süreçteki çabaları onu hem yeni düşmanlarıyla hem de teşkilata geri getirecek Neslihan ile tanıştırır. Neslihan'ın tek hedefiyse kaybettiklerine rağmen verdiği sözleri tutup ona muhtaç olan insanları yalnız bırakmamaktır. Ancak karşısına çıkacak tehlikelerin o bile farkında değildir. Dolaylı yollardan da olsa bu ikiliyi birleştiren en büyük nokta vatan sevgisi ve onu koruma arzusudur. Bu yolda onlara yine aynı amaç uğruna savaşan yeni ekip yardımcı olacaktır. Bu zorlu savaşta düşmanlar eskisinden de tehlikelidir. Teşkilat'ın yeni sezonunda yeni başlangıçlar, yeni hedefler ve tanışmalar kahramanları yeni sürprizlere sürüklese de yine değişmeyen tek şey vatan sevgisidir.