Kaptan Pengu ve Arkadaşları 2, çevre sorunlarıyla mücadele eden bir grubun hikayesini anlatıyor. Kaptan Pengu'nun liderliğindeki ekip, kuraklık, deniz kirliliği, iklim değişikliği ve artan doğal afetler gibi sorunlara karşı çözüm arayışına girer.
İnci Koyu'nda sürekli çöp toplamak zorunda kalan Maki, bu duruma kalıcı bir çözüm bulmak ister ve yardım talebini bir müzik festivali düzenleyerek duyurmaya karar verir. Kahramanlar, bu süreçte karşılaştıkları zorlukların üstesinden gelirken unutulmaz bir müzik grubu kurar ve tüm sorunları çözmeye yönelik bir planı hayata geçirirler.