Labirent: Son İsyan, Thomas ve arkadaşlarının Minho’yu kurtarmak için peşine düştükleri W.I.C.K.E.D.'a karşı verdikleri mücadeleyi konu ediniyor. Thomas ve arkadaşları, Labirent'ten kurtulduktan sonra tutuldukları tesisten kaçarak, acımasız W.I.C.K.E.D. organizasyonuna karşı direnen isyancı grup Right Hand ile birleşirler.
Teresa'nın ihaneti, grubu tekrar W.I.C.K.E.D. ile mücadele etmek zorunda bırakır ve Minho'nun organizasyon tarafından yakalanmasını önleyemezler. Minho'yu kurtarmak amacıyla organizasyonun izini sürmeye başlarlar. Verdikleri kararlar, sadece dostlarının değil dünyanın da geleceğini şekillendirecektir.