Barbaros Hayreddin, Vatikan'daki kaleye gitmesinin hesabını sonran Kanuni Sultan Süleyman'dan son bir hamle yapma şansı ister. Başarısız olması halinde de bunun bedelini her türlü ödemeye razı olduğunu söyler. Sultan'dan izni alan Barbaros Hayreddin leventleriyle beraber hazırlıklarına başlar. Şehzade kılığındaki Marcus'u kaçıranın Pargalı İbrahim Paşa olduğunu ispatlamak zorundalardır. Pargalı İbrahim Paşa, gerçekte kim olduğunu bilmediği Marcus'la ikbal hayali kurmaya devam edecektir. Barbaros Hayreddin, Cem Sultan'ın torunu Şehzade Alp Kağan'ı yanına alarak Kanuni Sultan Süleyman'ın huzuruna çıkar ve Pargalı İbrahim Paşa'nın aslında nasıl bir tertibin içinde olduğunu anlatır. Sultan Süleyman Barbaros'tan anlattıklarının delilini ister. Pargalı İbrahim Paşa tertibine başlayarak Sultan Süleyman'ı zorda bırakacak ilk hamlesini yapar. Barbaros Hayreddin'in başında bir başka bela daha vardır. Ritter Suikastçileri Ada haritasını ele geçiren Barbaros'un peşindedir. Bu infaz için Luzatto'dan yardım alırlar. Barbaros Hayreddin ve leventleri gece uykudayken öldürülmek istenecektir. Ayas Paşa konağında ise sürgün kararı verilir. Şahsuvar ve Şukufe bu karara karşı koymak ister. Ayas Paşa bu kati kararından dönmemekte ısrarcı olacaktır. Pargalı İbrahim Paşa'nın şehzade kılığındaki Marcus'la içinde bulunduğu tertibi başarısız kılmaya çalışan Barbaros Hayreddin ateşten denizde yürümektedir. Devlet hazinesinin tehlikede olduğu bu tertibe karşı mumdan gemilerle ateş denizinden geçmeye çalışmaktadır. Barbaros Hayreddin'in Pargalı İbrahim Paşa'yla hesaplaşması devam ederken bir yandan da uğruna Luna'yı da kaybedeceği Ada'nın gerçek hikayesini leventleriyle beraber öğrenecektir.

Barbaros Hayreddin ve leventleri kütüphanede Marcus tarafından yakalanır. İdam edilmekle karşı karşıya kalırlar. Salih'in kendisine ihanet ettiğini öğrenmiş olan Şarlken, İsabella'yı da bundan haberdar olduğu için cezalandıracaktır. Bununla beraber İstanbul'daki Amiral Dorya'ya Vatikan'daki Salih'i bulup, infaz etmesi için haber gönderir. Pargalı İbrahim Paşa, suikast tertibiyle alakalı Barbaros Hayreddin'in aleyhine Luna'yla planın devamını oynamaya devam eder. Pargalı İbrahim Paşa, Barbaros Hayreddin'in Vatikan'daki kalede tutulan Cem Sultan'ın torununun yanına gittiğini Kanuni Sultan Süleyman'a söyler. Barbaros'un niyetinin şehzadeyle beraber Payitahta dönüp ikilik çıkarmak olduğunu ifade eder. Kanuni Sultan Süleyman, Barbaros'la beraber bütün leventlerinin tutuklanması için Kemankeş Paşa'ya emir verir. Vatikan'daki Barbaros ve leventleri ise Marcus tarafından tuzağa çekilmiş, soluğu zindanda almışlardır. Ada haritasını bulmak için gittiği Vatikan'da haritayı bulan Barbaros Hayreddin ve leventleri, Pargalı İbrahim Paşa'nın tertibiyle ihanetle suçlanır, İstanbul'da kadının huzuruna çıkartılması için hazırlıklar yapılır. Barbaros Hayreddin'in masum olduğunu ispatlamak için Şahsuvar'ın şahitliği gereklidir ancak kayıptır. Şahsuvar Ayas Paşa konağından kaçmıştır... İbrahim Paşa'ya suikast tertibiyle suçlanan Barbaros Hayreddin, Kandiyeli, Seydi Ali Reis, Turgut Reis, Yareli ve Deli Cafer hakkında yargılanmaya başlanır. Kandiyeli, cezası idam olan bu suçlamadan aklanarak çıkmaları için Şahsuvar ve Luna'nın şahitlik etmeleri adına ikiliyi aramaya başlar. Barbaros Hayreddin ise şehzadeyle beraber İstanbul'a gelmekte ve Pargalı İbrahim Paşa'nın başka bir tertibi de onları beklemektedir.

Barbaros Hayreddin, Pargalı'yı vuran Seydi Ali'ye öfkelidir. Marcela'nın her şeyi Barbaros Hayreddin'e anlattığını öğrenen Luna başka bir gerçeği daha yine Marcela'dan öğrenir. Seydi Ali'nin yakalanmasını isteyen Kanuni Sultan Süleyman, Barbaros Hayreddin'in de huzuruna çıkıp hesap vermesi adına emir verir. Ayas Paşa'nın Barbaros'a itimadıyla biraz daha vakit kazanan Barbaros Hayreddin bu kirli tertibi çözmek için harekete geçer ve Lord Chavez'in yakalanmasını ister. çünkü Seydi Ali, Lord Chavez'i olay yerinde gördüğü için silahının ateşlediğini söylemiştir. Ada haritasının Luzatto'da olduğunu Luna'dan öğrenen Barbaros Hayreddin Payitaht'tan çıkışların durdurulması için emir verir. Luna'yla yüzleştiğinde ise Ada haritasının Luzatto'da olduğunu öğrenir. Luzatto ise Dorya'yı kurtarmak için Chavez'e Barbaros'la görüşmesini söyler. Her şeyin birbirine karıştığı Payitaht'ta Barbaros Hayreddin'in önü yine engellerle doludur... Zindandaki Dorya'yı zehirlemek isteyen Pargalı İbrahim Paşa'nın bu tertibini engellemek isteyen Barbaros Hayreddin panzehir arayışına girer. Haritanın bulunabilmesi için Dorya'nın yaşaması şarttır. Aksi durumda Luzatto Ada haritasını Barbaros'a vermeyecektir. Dorya'nın iyileşmesiyle her şeyi Kanuni Sultan Süleyman'a Chavez'in itiraf etmesini isteyen Barbaros Hayreddin'i Ada haritasının doğru çizimleri için zorlu bir Vatikan seferi beklemektedir.

Barbaros Hayreddin, Himara'yı teslim almak için Maria'dan istediklerini yapacaklarına dair söz alır. çaresiz kalan Maria bunu yapmak zorunda kalmıştır. Barbaros Hayreddin, Himara için Şarlken ve Dorya'dan vazgeçmeyi göze almıştır. Pargalı İbrahim Paşa ise Şahsuvar'la beraber çeribaşı olayının önünü almak için hamlelerine devam etmektedir. Barbaros Hayreddin, Luna'nın Ada haritasını Payitaht'a götürdüğünü ve haritayı orada Piri Reis'e çözdüreceğini öğrenince Payitaht'a dönüş için emir verir. Barbaros Hayreddin, Şarlken'in de Piri Reis'den haberdar olduğunu ve ona ulaşmak istediğinden habersizdir. Askerlerinden birinin kaybolduğunu öğrenen Piri Reis, bütün hazırlıklarının ifşa olmasından korkmaktadır. Pargalı İbrahim Paşa ise Kanuni Sultan Süleyman'a bütün olanlardan dolayı hesap veriyordur. Kanuni'ye karşı zor durumda kalan Pargalı İbrahim bu durumdan kurtulmak için Luna'yla beraber Barbaros Hayreddin aleyhinde bir tertip yapar. Kanuni Sultan Süleyman'ın Kaptan-ı Derya olarak tayin ettiği Barbaros Hayreddin kendisini zor bir görevin içinde bulur. Piri Reis'in Akdeniz'deki bütün çalışmalarını bilen askerinin bulunması için emir verir. Aradıkları askerin ise Dorya'nın elinde olduğundan ve işin içinde Luna'nın da olduğundan habersizdirler. Barbaros Hayreddin, bir yandan da Pargalı İbrahim Paşa'nın Luna'yla kurduğu tuzakla yüzleşecek.

Barbaros Hayreddin ve reisleri esir aldıkları Şarlken ve Dorya'dan sonra Himara'yı fethetmenin hazırlıklarına girişirler. Bütün kalenin altını barutla döşedikleri halde Barbaros bu tehlikeli tertibe rağmen Himara halkının zarar görmemesi için önlem almaya çalışır. Bir yandan da Ada'nın haritasını bulmak isteyen Barbaros'a yerine getirmesi güç bir şart sunulur. Pargalı İbrahim Paşa ise Ayas Paşa'nın çeribaşı'yla girdiği tertibin hesabını sormaktadır. Luna'nın da haritanın peşinde olduğunu öğrenen Barbaros bunun sebebini merak eder. Şarlken, Dorya ve Maria ise Luna'yı harita üzerinden etki altına alarak esaretten kurtulmanın planlarını yapmaktadırlar. Barbaros Hayreddin hiç beklenmeyen bir istekle Luna'nın karşısına çıkar. Derviş ise Ayas Paşa ile beraber Pargalı İbrahim Paşa'yı alt etmenin yolunu aramaktadır. Pargalı İbrahim Paşa zindanda tuttuğu çeribaşı'ndan itirafnameyi almanın yolunu aramaktadır. Barbaros Hayreddin yaptığı tertibin Luna'yla neticeye ulaşmasını beklerken Maria'yla beraber olan Luna ise yaptıkları tertibi yerine getirmek için uğraşacak ve Ada'nın haritasını bulma mücadelesine devam edecektir. Maria'ya karşı merhametinden dolayı elindeki güçten ödün verecek olan Barbaros Hayreddin fırlatılan bir okun hedefinden de kaçamayacaktır.

Barbaros Hayreddin ve reisleri Himara Kalesi seferinde kurulan tuzağın üstesinden geldikten sonra gizlice kaleye varmanın planını yaparlar. Dorya'nın yenilmesiyle kendi itibarının da yerle bir olacağının farkında olan Şarlken, Himara Kalesi'ne gitmeye karar verir. Salih Reis de bu seferden geri kalmak istemez ve Şarlken'le beraber yola koyulur. Payitaht'ta kalan Derviş ise İskender çelebi'yi öldürenin Pargalı İbrahim Paşa olduğunu ispatlayacak delili bulur. Ancak bu delilden Şahsuvar da haberdar olur ve Pargalı İbrahim Paşa'ya iletir. Derviş ve Ayas Paşa ise artık İbrahim Paşa'nın sonunun geldiğini düşünmektedir. İki taraf da son ana kadar mücadeleden kaçınmayacaktır. Barbaros Hayreddin fetih için geldiği Himara'da Kemankeş Paşa'nın Şarlken'in elinde esir olduğu gerçeğiyle yüzleşir. Turgut Reis ve leventlerinin de katılmasına rağmen sayıca yetersizlerdir hala. Kemankeş Paşa'nın da Şarlken'in elinde olması Barbaros Hayreddinlerin işini daha zorlaştırmıştır. Ancak Sultanın fermanı gereği fethi mümkün kılacak bir plan yapmaları da şarttır. Luna ise Himara'ya varır varmaz adanın nerede olduğunu öğrenmek için haritayı aramaya başlar. Luna'yı zor bir görev beklemektedir. üstelik Barbaros'la yüzleşmekten de kaçamayacaktır. Turgut Reis ve leventleriyle beraber Şarlken'e esir düşen Barbaros Hayreddin, Himara Kalesi'nin zindanından muzaffer bir komutan olarak çıkmanın yolunu arayacaktır.

Barbaros Hayreddin Paşa, Aydın Reis'i şehit edenlerden intikamını alacağına onun mezarının başında yemin ettikten sonra Seyyare'nin kaybolduğu haberi gelir kendisine. öte yandan tahtını korumak adına Papa'yı zehirleyen Şarlken, beraber yaptıkları tertipten sonra pişman olan İsabella tarafından panzehir konusunda baskı görür. Ancak ikna olmaz. Barbaros Hayreddin'in Dorya'yla anlaşmadığını öğrenen Pargalı İbrahim Paşa ise Dorya'ya yapılması gereken tek bir şey kaldığını söyler. Barbaros Hayreddin'in kellesi alınacaktır. Barbaros Hayreddin'den Papa'nın korunması gerektiği emrini alan Salih Reis tertibini uygulamaya başlar ve İsabella'dan panzehir olduğunu öğrenir. Payitaht'a birliklerini sokmanın zorluğunu bilen Dorya Payitah'ta adam toplamak için plan yapmıştır. Ancak bu planının Barbaros tarafından da öngörüldüğünden habersizdir. Barbaros Aydın Reis'in mezarının başında ettiği yemini tutacak ve Dorya'yı da ele geçirecektir. Ancak Pargalı İbrahim Paşa'nın gönderdiği ulak Dorya'dan hesap sormasına mani olacaktır. Diğer yandan ise kurulan oyunların artık son bulması için Şahsuvar'dan aldığı bir isimle konunun üstüne gitmeye devam etmiş olan Derviş huzura çıkmak için hazırlanan Barbaros'a bütün öğrendiklerini anlatacaktır. Barbaros Hayreddin, Sadrazam Pargalı İbrahim Paşa'nın huzuruna çıkar ve ölüm fermanının verildiğini başına bir celladın gönderilmesiyle de görür. Kanuni Sultan Süleyman'a bütün olanları anlatmaktan başka bir çarenin kalmadığını görmüş olan Derviş, Yahya Efendi'yle beraber huzura çıkmış ve Barbaros'un hayatını kurtaracaktır. Ada'yı bulmak için Himara Kalesi'ne gidilmesi gerektiği öğrenilmiş ve bu adaya ise Kanuni Sultan Süleyman'ın emriyle Barbaros'la Dorya ayrı iki gemiyle gidecektir. Barbaros Hayreddin'in kendi elleriyle ölümüne Sultan Süleyman'ın mani olmasına boyun eğmekten başka çaresi kalmayan Pargalı İbrahim Paşa, Himara Kalesi'ne giden Barbarosların ölümüne çıkacak başka bir tertip kurar. Yelkenini yine ölüme açmış olan Barbaros Hayreddin çıktığı bu sefer öncesi Derviş'e Payitaht'ta kalarak Pargalı İbrahim'in güttüğü siyasetin üstüne gitmeye devam etmesini söylemiş ve Derviş ulaşacağı bilgilerle Sadrazam Pargalı İbrahim Paşa'nın Kanuni Sultan Süleyman'a hesabını veremeyeceği bir sırrının olduğunu öğrenecektir. Barbarosların başına gelecekleri Luna ise Doryaların gemisindeyken öğrenecektir. Himara Kalesi'ne yaklaştıklarında köşeye sıkışan Barbaros Hayreddin ve leventleri ölümle burun buruna kalacaktır.

Barbaros Hayrettin Paşa, başındaki belalardan kurtulmuş olsa da hala bunları yapan haini bulamamıştır... Seyyare Hatun kurtarılmıştır. Mia De Luna ise Barbaros Hayreddin Paşa'nın kendisini fark etmesinden korkmaktadır. Payitaht'a tüm dengeleri değiştirecek olan Pargalı İbrahim Paşa gelir. Kanuni Sultan Süleyman'ın Barbaros Hayreddin Paşa' yı Kaptan-ı Derya yapmak istemesine karşın Pargalı İbrahim Paşa'nın başka planları vardır. Barbaros Hayreddin Paşa, Kemankeş Paşa'dan işlerin arkasında kim varsa onu bulmasını ister, Kemankeş Paşa ise kendisini yönlendiren Şahsuvar'a gider. Şahsuvar bütün oyunların arkasındaki ismi verir: Pargalı İbrahim Paşa... Barbaros Hayreddin Paşa öte yandan adamlarına kendisini kurtaran hançerin üzerindeki işareti araştırma emri vermiştir. Aydın Reis işin peşindeyken Andrea Doria 'nın adamları tarafından esir alınır. Tam bu sırada Barbaros Hayreddin' e Pargalı İbrahim Paşa tarafından şok bir teklif getirilir. Andrea Doria ile aynı masaya oturacak ve onunla anlaşacaktır. Barbaros Hayreddin asla Andrea Doria ile aynı masaya oturmayacakken Aydın Reis'in kaçırılmasından dolayı Andrea Doria ile görüşmeyi ister. Kral Şarlken'in sarayından Salih Reis'in gönderdiği haber Barbaros Hayreddin'in dikkatini çeker. Papa'nın bir oğlu vardır ve bu vesika Rum Patriği'nin hanesinde gizlidir. Barbaros adamlarına o vesikayı bulmaları için emir verirken Büyük Ada'da Doria ile buluşacaktır. Doria 'nın planı büyüktür. Aydın Reis'i tehdit olarak kullanacak ve Barbaros Hayreddin anlaşmaya zorlayacaktır. Pargalı İbrahim Paşa da hakem olarak bu ortaklıkta masaya oturacaktır. Fakat Barbaros Hayreddin dört koldan yaptığı planı kimse bilmez. Barbaros Hayreddin hem vesikayı bulup hem de Aydın Reis'i kurtarabilirse ona karşı oynanan oyunlara bir son verebilecektir.

Barbaros Hayreddin Paşa, Ayas Paşa'nın evinden çıkanları yakalamıştır. Yüzlerini açtığında şok olacağı bir manzara ile karşılaşır. Kemankeş Paşa ve Şahsuvar ise Barbaros'u Ayas Paşa'nın evine göndererek aralarında bir anlaşmazlık çıkmasını ummaktadırlar... Topları kaçıranın Ayas Paşa olduğunu düşünen Barbaros Hayrettin Reis, Ayas Paşa'dan hesap soracaktır. Kandiyeli, Payitaht'a Barbaros Hayreddin'in yanına gelmek için yola çıkar. Fakat bindiği gemi Andrea Doria'nın gemisidir. Andrea Doria da Payitaht'a gelip bütün düzeni alt üst etmek için bir plan yapmıştır. Kandiyeli gizlice Payitaht'a, Doria 'nın gemisiyle yol alırken Salih Reis ise Papa'nın oğlu Medici'yi esir almıştır. Barbaros Hayreddin'in kardeşi Seyyare hatun kaçırılmıştır. Kaçıranlar Ayas Paşa'dan bir geminin Payitaht'a aranmadan yanaşması için izin istenmiştir. Ayas Paşa ise Seyyare hatunu kaçıranlar tarafından istenen bu izin konusunda Barbaros'a açık oynar. Barbaros Hayreddin, iznin verilmesini söyler. Payitaht'a gelecek olanlar ise Andrea Doria ve askerleridir. Barbaros Hayreddin Paşa' nın hedefinde ise hem Seyyare hatunu kurtarmak hem de azab-ı elem toplarının olduğu gemiyi bulmak vardır. Gemiden inenleri takip edip haini bulmayı ümit eden Barbaros'un yolu Mia De Luna'nın askerleriyle kesişecek... Mia De Luna, Barbaros'un ölüm emrini verebilecek midir?

Barbaros Hayreddin, İstanbul'a gelmiştir... Oyuna gelerek batırdığı Fransız gemisi sebebiyle aranmaktadır. Her şeyin arkasında Kemankeş Paşa'nın olduğunu düşünen Barbaros, Seyyare hatun ile Kemankeş Paşa' nın evleneceği haberini alır. Seyyare ve Nazife hakim karşısına çıkmaya hazırlanmaktadırlar. Kendilerini mahkemede bir sürpriz beklemektedir... Barbaros Hayreddin, Kanunu Sultan Süleyman ile görüşüp kendini temize çıkarmasını ister. Barbaros, bütün kışlaları özel bir izinle tek tek gezer. Kaçırılan topların hangi kışladan kaçırıldığını tespit etmek için her tarafı arayan Barbaros Hayreddin, Mia De Luna'nın kurduğu bombalı düzeneğe doğru gitmektedir.

Barbaros Hayrettin Reis, Gırnatalı Müslümanları kurtarmıştır. Luna yaşadığı yere dönerken kaçırılır. Barbaros Hayreddin, Luna'yı kaçıranların peşine giderken şehirde gizemli bir adam görür ve o gizemli adamı takip etmeye başlar. Barbaros Hayreddin, gizemli adamı girdiği bir dergahta bulur. öte yandan Seyyare, başındaki dava belasından kurtulmak zorundadır. Kemankeş Paşanın ona olan ilgisinden ötürü onunla bir yol yürüyebileceğini düşünür. Luna kaçırılmış, özel bir kaleye götürülmüştür. Fakat onu çok büyük bir sır beklemektedir. Babasının öldüğünü öğrenen Luna, babasının da ölmeden önce başında olduğu gizli bir finans sisteminin içerisine davet edilir. Bunu kabul etmesi demek Barbaros'u karşısına almak demek olacaktır. Seçimi kimden yana olacaktır? Barbaros Hayreddin'in takip ettiği gizemli kişi Yahya Efendi'dir. Yahya Efendi, Barbaros'un bayrağına işlediği sırları anlatır. Bu sırlar Barbaros Hayreddin'in hayatını nasıl etkileyecektir? öte yandan Seyyare ve Kemankeş arasındaki ilişki ilerlemektedir. Seyyare, Kemankeş Paşa ile evlenmeye karar vermiştir. Barbaros, Luna'yı bulmak için denizlere açılır. Luna'yı kurtarır fakat saldırdığı gemi Osmanlıların ittifak yaptığı bir Fransız gemisidir. Barbaros Hayrettin Paşa tuzağa düşmüştür. Bu tuzaktan kurtarabilecek midir?

Musa Bey'i kurtarıp, Ebu Hişam'ın cezasını vermek isteyen Barbaros Hayreddin ile Aydın Reis kendilerini Andrea Doria' nın kurmuş olduğu tuzağın içinde bulurlar. Beklenmedik yerde beklenmedik anda gelen yardım bu tuzağı bertaraf etmelerini sağlar. Şimdi oyunu Barbaros ve yol arkadaşları kuracaktır. Mapustan kaçan Seyyare ve Nazife yakalanmadan kendilerine kurulan tertipi çözmek için Yahya'yı da beraberlerine alarak onlara tuzak kuran Cafer ve arkasındaki kişilerin izlerini bulabilecekler midir? Sultan Süleyman' ın Musa Bey' i kardeşi Beybura' ya götürme görevini başarmak kahramanlarımız için ölümle kalım arasında bir mücadeleye dönüşecektir.